Collezione generale di minerali (1206 esemplari) la collezione si è costituita nel tempo attraverso donazioni da parte di numerosi naturalisti o collezionisti
Collezione di minerali greggi e lavorati delle miniere di Capanne Vecchie e Poggio Bindo presso Massa Marittima (Grosseto) (45 esemplari) Donatore/i Ing. Constantin Haupt (Direttore delle Miniere e Fonderie di Capanne Vecchie, presso Massa Marittima) Anno/i donazione 1853 e 1854
Collezione geognostica e orittognostica del Monte Amiata (109 esemplari) Donatore/i Prof. Giovanni Campani (Direttore del Museo di Storia Naturale, Professore di Chimica generale e Rettore dell’Università di Siena) Anno/i donazione 1860
Collezione di fossili del Monte Mario (Roma) (123 esemplari) Donatore/i Sig. Giovanni Rigacci (noto collezionista romano di conchiglie fossili e viventi, deceduto nel 1871) Anno/i donazione 1869
Collezione di fossili del subappennino senese(parzialmente in ostensione)
(198 esemplari) la collezione si è costituita nel tempo attraverso donazioni da parte di numerosi naturalisti o collezionisti
Collezione di ittiodontoliti (47 esemplari) la collezione si è costituita nel tempo attraverso donazioni da parte di numerosi naturalisti o collezionisti
Collezione micropaleontologica di Ambrogio Soldani(624 vasetti di vetro e 311 preparati in vetrini per microscopia)
Donatore/i Abate Ambrogio Soldani (Segretario dell'Accademia dei Fisiocritici e professore di Geometria all'Università di Siena) Anno/i donazione 1810
Invertebrati del mare pliocenico senese(Il materiale in ostensione costituisce la selezione della Collezione di Molluschi pliocenici delle Colline senesi, della Collezione di Molluschi Fossili della Provincia di Siena e della Collezione di fossili del Subappennino Senese)
Mammiferi marini del Bacino di Siena (85 esemplari) la collezione si è costituita nel tempo attraverso donazioni da parte di numerosi naturalisti o collezionisti
Proboscidati della Provincia di Siena(parzialmente in ostensione)
(98 esemplari) la collezione si è costituita nel tempo attraverso donazioni da parte di numerosi naturalisti o collezionisti
Collezione di modelli in cristallo Swarovski di forme cristalline semplici (50 esemplari) deposito permanente dal 2008
Collezione di modelli in legno di forme cristalline semplici
(con l'originale cassettino in legno)
(21 esemplari) acquisizione sconosciuta
Collezione di suoli
(formata dal Dr. G. B. Paini, Brescia 1968, in barattoli di vetro - diametro 10 cm, altezza 18 cm - con etichettatura originale)
(11 esemplari) deposito permanente dal 2006
Peli di Mammuth lanoso (1 esemplari) Donatore/i Prof. Ida A. Dubrovo (Paleontologa dell’Accademia Sovietica delle Scienze di Mosca) Anno/i donazione 1986
