La collezione si è costituita nel tempo attraverso donazioni da parte di numerosi naturalisti o collezionisti.
E' stato possibile risalire ai donatori per circa un terzo del totale degli esemplari della collezione, esemplari acquisiti in un arco di tempo compreso tra il 1788 ed il 1902.
Gli altri esemplari sono certamente provenienti in gran parte dalla raccolta del Prof. Giuseppe Baldassarri, consegnata all’Accademia nel 1786, e dall'acquisto, avvenuto nel 1826, della copiosa collezione del Prof. Biagio Bartalini, comprensiva in origine di quasi 6000 esemplari. La collezione attualmente consiste di 1206 esemplari in ostensione.
I minerali provengono da tutto il mondo, anche se prevalentemente dall’Italia, con preminenza dalla Toscana meridionale.
Tutte le classi di minerali sono più o meno rappresentate.
Al fine di salvaguardare innanzitutto la storicità della collezione, il primo nome del catalogo conferito a ciascun esemplare, è quello storico.
Il secondo nome, scritto tra parentesi, è quello dettato dalla nomenclatura indicata dalle istituzioni internazionali più accreditate (International Mineralogical Association, in particolare). Questo secondo nome tiene conto della corretta terminologia in italiano, sia in funzione dell’ortografia (Bianchi Potenza e de Michele, 1992), sia in relazione alle denominazioni dichiarate discreditate (Gottardi, 1967).
Vale come esempio Pirrotite al posto di Pirrotina per l’ortografia, Sfalerite al posto di Blenda per la denominazione discreditata.
La collezione è stata oggetto di una accurata revisione classificativa che, insieme alle informazioni desunte dalla bibliografia più recente, ha comportato l’esecuzione di circa 200 analisi diffrattometriche su campioni di minerali.
Le analisi sono state eseguite da Andrea Scala del Gruppo di Ricerca sulla Conservazione del Patrimonio Culturale Lapideo, afferente al Dipartimento di Scienze Ambientali dell'Università di Siena (oggi Dipartimento di Scienze Fisiche, della Terra e dell'Ambiente). A tal fine è stato utilizzato un diffrattometro a raggi X Bragg-Brentano Philips X'Pert PRO PW 3040, equipaggiato di rilevatore allo stato solido X'Celerator PW 3015.

Testi consultati per la revisione della Collezione generale di minerali

La Collezione generale di minerali del Musnaf nella precedente disposizione ostensiva, in uso fino agli anni Settanta del Novecento, utilizzava la Classificazione dei minerali secondo Francois Sulpice Beudant particolarmente diffusa nella prima metà del XIX secolo.

Al fine di fornire una serie di informazioni di facile e immediata lettura sulle tipologie dei minerali che costituiscono la Collezione generale di minerali e sulla loro provenienza geografica, sono state predisposte le relative rappresentazioni grafiche.