Il Museo si chiama di Storia Naturale perché comprende reperti provenienti dai tre principali regni della natura: animale, vegetale e minerale.
Il Museo è nato e si è sviluppato, dalla fine del Seicento, prevalentemente grazie ai doni delle collezioni di studio di molti Fisiocritici ed appassionati di scienze naturali.
Scopo delle raccolte era quello di ricercare e mostrare pubblicamente la verità dei fenomeni della natura.